Quyền tư pháp được trao cho Tòa án Tối cao Philippines và các tòa án cấp thấp được thành lập theo luật. Tòa án tối cao, do Chánh án đứng đầu và 14 Thẩm phán liên đới, giữ vị trí cao nhất trong hệ thống tư pháp. Các thẩm phán phục vụ cho đến tuổi 70. Các thẩm phán do Tổng thống bổ nhiệm theo khuyến nghị của Hội đồng Luật và Tòa án của Philippines.[2] Chánh án đương nhiệm là bà Maria Lourdes Sereno, Chánh án thứ 24 của Philippines.

Các loại tòa án khác, có thẩm quyền khác nhau xung quanh quần đảo là::
Các toà án cấp thấp hơn:

• Tòa phúc thẩm
• Tòa phúc thẩm thuế
• Sandiganbayan (Tòa phúc thẩm đặc biệt)

Các toà án cấp thông thường:

• Toà án xét xử khu vực
• Toà án xét xử phạm vi đô thị tự trị

Các toà án Hồi giáo:

• Tòa Sharia cấp quận
• Tòa Sharia yessy cấp khu vực